国内外の生命科学系データベースの所在情報 (URL)と、データベースについての説明や生物種などの基本的な属性情報 (メタデータ)をまとめたデータベースです。
文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の取り組みの一環としてこれまで4省が独自にもっていた以下のデータベースのリストを集約し、4省にまたがるデータベースカタログを構築しました。2011年12月にベータ版を公開し、2012年10月には正規公開版サイトを公開しました。その後も4省が協力して継続的にデータベースの情報を収集し、カタログへの追加・更新を行っています。
- 生命科学系データベースカタログ
- WINGpro
- MEDALSデータベース便覧
- AgrIDのデータベース便覧
- 医薬基盤・健康・栄養研究所のデータベースリスト

生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っています (例：自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など）。

ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現の解析を行った結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。
オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。

アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。
AAindex1：アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース
AAindex2：アミノ酸置換行列のデータベース
AAindex3：アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース

http://www.genome.jp/aaindex/aaindex_help.html||ftp://ftp.genome.jp/pub/db/community/aaindex/aaindex.doc

ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。

好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。

古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。

家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロサテライト、SSCP等のマーカーを収録しており、核型および染色体情報が一覧できます。

遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。

シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。

麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し、公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。
現在は情報提供を一時停止しており、こちらのサイト（http://www.nrib.go.jp/data/EST2/est.htm ）に連絡先についての情報が記載されています。

「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺伝学、分子生物学、腫瘍学、血液学、病理学の臨床医や研究者による、研究者のために構築されています。

Barley DBでは、岡山大学資源植物科学研究所がナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）オオムギの代表機関として保存している分譲可能なオオムギリソース情報（オオムギ各系統の種子や穂の写真、採取地マップ、cDNA/ESTクローン）の情報を提供しています。オオムギ系統、BACライブラリー、cDNAクローンについて、研究用に限ってリソースを配布しています。オオムギ系統の品種ごとに、起源、形態的・生理的・生態学的形質等も得られます。

ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。

http://www.fruitfly.org/sequence/download.html

生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。

情報検索技術と情報抽出技術を用いて、概念ネットワークを自動的に描画するシステムです。このシステムでは、(1)概念の関係性が1件以上の文献アブストラクトに明確に記述されている、(2)それぞれの概念がMEDLINEアブストラクト中に共起している場合、に2つの概念が関連していると見なしています。

カイコの突然変異体の写真を集めた画像集です。変異遺伝子名をクリックするとカイコの画像が表示されます。

ヒト、ニホンザル、アカゲザルの脳のMRI画像の連続写真をデジタル化し、マウスのみの操作で簡便に参照可能なデータベースです。

酵素の機能と特性データを収集した総合的な酵素情報データベースです。データの大半は主要文献から手動で抽出したもので、酵素の機能、構造、生成反応、生物種、活性、実験手法、応用、変異体に関する情報を網羅しています。関連するパスウエイへのリンクや、テキストマイニングによる疾患情報も含まれています。

JAFAN（枯草菌の日本機能解析ネットワーク）による枯草菌ORFデータベースです。枯草菌ゲノム上のORFと詳細なアノテーション、変異株リスト、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されています。

ヒト、マウスのがん細胞株の核型解析結果、CGH解析結果、臨床情報等を提供するデータベースです。NCI/NCBIのSKY/M-FISH & CGH Database、NCIのMitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer、NCIのRecurrent Aberrations in Cancerの3つのデータベースを統合したシステムとなっています。身体の部位や診断名、染色体位置から検索できます。現在は廃止され、データはNCBI Database of Genomic Structural Variation (dbVar) URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar ( カタログ詳細ページ：http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00244) に移行しました。

熊本大学生命資源開発研究・支援センター動物資源開発研究部門(CARD)に保存されている遺伝子改変マウスの系統、遺伝子、文献、疾患および応用分野に関する情報が記載されています。 また、寄託、分与/分譲（供給）やマウスおよびラットに関する命名規約、遺伝子・系統の表記方法および施設の登録略記号についての情報も掲載しています。

高品質で確実にアノテーション付けされたヒトとマウスのタンパク質コード領域のコアセットを集約し、提供しているデータベースです。

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/README

東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センターは、国立大学の中で唯一の癌細胞バンクであり、国内外の研究者に多数の細胞株を供給しています。種々のヒト癌細胞、正常細胞、動物腫瘍細胞、正常機能保持細胞、単クローン抗体産生ハイブリドーマ細胞の新たな細胞株の樹立開発するとともに、貴重な細胞の収集に努め、細胞保存、供給、品質管理、データベース構築、インターネット公開を行っています。本ページでは、保有細胞のカタログが掲載されているほか、細胞供給依頼書や同意書などの書式も用意されています。

癌の遺伝子発現データ及び臨床情報の統合データベースです。乳がん、結腸直腸がん、肝細胞がん、食道がん、甲状腺がん、胃がんの遺伝子発現プロファイル解析を行ったデータと詳細な臨床情報が格納されています。遺伝子発現データと臨床情報の関係は、モザイクプロットによりグラフィカルに表示されます。一般の分子生物学者にも利用しやすいように、一般的な遺伝子名による検索の他、 Gene Ontology TermやSwissProt functional annotationによる機能グループの検索が可能です。

種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。

生命プロセスに介在する小分子化合物の辞典です。ゲノムに直接コード化されている分子（例：核酸、タンパク、ペプチド）はこのデータベースの対象外です。登録されているデータは、多数の情報源のデータを組み合わせ、冗長性を除いています。主な情報源はIntEnz(EBI)、KEGG COMPOUND、PDBeChem(EBI)、ChEMBL(EBI)です。 ChEBIオントロジー（化合物オントロジー）による分類情報と階層表示が特徴です。
全てのエントリーにはデータの信頼性を示す★印がついています； 3つ星：ChEBIチームが手作業で注釈付けを行ったもの。2つ星：ChEMBLチームまたはデータ提供者が手作業で注釈付けを行ったもの。1つ星：情報源から自動的に取得した仮エントリーで、手作業での注釈付けが行われていないもの。

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chebi/README.txt

かずさDNA研究所で決定したクラミドモナスのEST配列と、非冗長タンパク配列データベースとの間で行ったblastx検索の結果が収録されています。

CIBEXは、EBIのArrayExpress、NCBIのGene Expression Omnibus(GEO)とともに、遺伝子発現データの国際的レポジトリとして機能しているデータベースです。MGEDが提唱したMIAME互換標準フォーマットで記述されたデータを登録しています。

UniProtやIPIに登録されているタンパク質を関連のあるグループに自動的に分類したデータベースです。分類手法は、タンパク配列間のペアワイズ比較法に基づいています。

複数のゲノム配列で保存されている非コードDNA領域は、制御エレメントである可能性が高いと考えられます。そこで、10種類の脊椎動物の相同遺伝子の組の上流領域から、保存されている非コード領域を収集し、データベース化しました。保存領域はゲノムビューワで表示されます。

酵素反応のメカニズムに関するデータベースです。酵素について、タンパク質の配列や構造、触媒残基の位置、補助因子、反応メカニズムなどのアノテーション情報を収録しています。Protein Data Bank (PDB）番号やEC番号、UniProt番号での検索や、酵素名、生物種、CATH Domainなどによる検索、補助因子による絞り込みが可能です。CSA （Catalytic Site Atlas、http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/） とMACiE (Mechanism Annotation and Classification in Enzymes、http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/MACiE/ ) のデータを統合した後継サイトです。

各生物種のコドン使用頻度を収集しているデータベースです。生物種ごとに、各タンパク質をコードする遺伝子から算出されるコドン使用回数を集計し、千分率で表示しています。GC含量も掲載されています。
CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank：ftp://ftp.kazusa.or.jp/pub/codon/current/) を拡張したウェブバージョンです。

ftp://ftp.kazusa.or.jp/pub/codon/current/README

財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したシアノバクテリアを含む、シアノバクテリア、緑色硫黄細菌、紅色非硫黄細菌の全ゲノム配列解析結果を収録しています。2017年にリリースされた新バージョンでは370を超える種が収録されています。ゲノム配列、染色体マップ、遺伝子アノテーション、遺伝子機能カテゴリ、文献、公共データベースのリンク等が閲覧できます。各エントリのAPIの項目からは、その生物の様々なデータがダウンロードできます。

らん藻遺伝子に関する全世界の研究者の知識を集約した「コミュニティデータベース」です。らん藻の１種であるSynechocystis sp. PCC6803 の全ゲノム配列は1996年にかずさDNA研究所により決定され、その後、配列決定時には未知であった遺伝子機能が続々と解明されました。しかしながら、その情報は学術雑誌に出版され、PubMed データベースに登録されてはいても、配列データベースに全く反映されておらず、ゲノム解析やネットワーク解析に全く利用できない状況でした。そこで、らん藻遺伝子の機能アノテーションを目的としたデータベースを構築し、らん藻DNA チップコンソーシアムのメンバーを中心に我が国の多くのらん藻研究者と共同作業を行いました。Synechocystis ゲノム中に含まれるすべての遺伝子アノテーションを見直し、その1/3にあたる約1000の遺伝子について最新の情報をもとに再アノテーションを行いました。CYORF にはかずさが決定した他のらん藻ゲノムも含まれ、今後は米国などで決定されている多くのらん藻ゲノムも追加し、各らん藻の比較解析ができるようなシステムになっています。

全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造をゲノムブラウザー上に表示します。
九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http: //orca.gen.kyushu-u.ac.jp/）の運用は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからD-HaploDBをご利用いただけます。

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dhaplodb/LATEST/README.html

ヒトゲノムにおける構造多型を包括的にまとめたデータベースです。2005年に世界の5つの研究機関、企業が国際コンソーシアム（ヒトゲノム構造多型コンソーシアム）を結成し、多様な人種におけるコピー多型の全容を解明するプロジェクトを実施しました。その成果を本データベースで公開しています。プロジェクトの結果、約360Mbp、ヒトゲノムの12％以上という、従来考えられていたよりもはるかに広い領域にコピー数多型が見られ、これまで知られていたSNP に加えて新たな個人間のゲノムの多様性を生み出している可能性が示されました。様々な疾患、薬剤感受性に関連するものを含め約3000個の遺伝子が含まれており、いわゆる染色体異常をともなう先天性疾患だけではなく、生活習慣病、自己免疫疾患といったcommon disease（ありふれた病気）を含むヒト形質の個人差に広く寄与している可能性が示されました。

生殖細胞 (germ cell) は種の保存に必須である重要な細胞であるだけでなく、減数分裂という特殊な分裂形式を持ち、全能性や無限増殖能を秘めている極めて興味深い細胞です。しかしながら、生殖細胞の形成過程には多くの研究にも関わらず、未知の点が多く残されています。私たちは逆遺伝学を用いて、生殖細胞形成に関わる遺伝子を効率よく検索するアプローチを試みています。
cDNAプロジェクトによって得られた約7500のcDNAのうちから、生殖腺 (gonad) に特異的に発現する遺伝子約300を同定しました。これらのうち168について、RNAi法と呼ばれる逆遺伝学の手法によって線虫でその遺伝子の機能を阻害し、どのような異常が出るかを調べました。この結果、生殖細胞形成に必要な15の遺伝子を同定しました。胚致死等、不妊以外の表現型が認められたものは26ありました。

タンパク質のフィンガープリントを提供しているサイトです。Accession番号やPRINTS code、配列情報などで検索することが可能です。立体構造へのリンクや生物種間の配列比較を行うためのマルチプルアラインメントを閲覧することができます。

ゲノムネットのバックボーンとなる検索システムです。KEGGデータベース群をはじめ、ゲノムネットで公開しているデータベースを統合検索できる窓口です。

蛋白質多様性に着目する生物学研究を支援するために、蛋白質コード領域に見出されるアミノ酸変化多型と可変的スプライシングの情報を提供します。ここでは蛋白質多型の概念を遺伝的多型だけではなく、スプライシング変化による多型にまで拡張して扱っています。そのため、領域SNPsだけでなくalternatively-spliced transcripts 情報 も収集・提供しています。

遺伝子発現に影響を及ぼす多型のリソースとして、日本人検体を用いて転写開始点周辺のSNPを探索し、その結果を公開しています。遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0K上流および0.2K下流まで）に存在するSNPについて、配列情報やアレル頻度情報を掲載しています。SNPのタイピングと定量化は、独自に開発した定量SSCP解析によるものです。
九州大学生体防御医学研究所によるオリジナルサイト（http:// qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/）の運用は終了しました。dbQSNPのデータは引き続き生命科学系データベースアーカイブからご利用いただけます。

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/dbqsnp/LATEST/README.html

枯草菌の転写因子と結合サイト、遺伝子の制御関係を収集したデータベースです。947件の論文を情報源として、実験的に検証された120の結合因子と1475件の制御関係を収録しています。

ホヤ等の被嚢類の転写制御の情報を、文献より抽出したデータベースです。実験情報、遺伝子発現の局在、結合配列、プロモータ領域、文献情報などが収録されています。

ヒト、マウス、その他の真核生物の正確な転写開始点を収録したデータベースです。mRNA 5'端に存在するキャップ構造を特異的に選別するオリゴキャッピング法を用いて取得した最新の完全長cDNA配列と、その配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しています。ゲノムビューワ上に、オリゴキャッピング法で同定されたcDNA領域、RefSeqやEnsemblで公開されている転写開始点、CpGアイランド、SNP位置が表示されます。

欧州と米国の対応機関（EBIとNCBI）と密接に関係しながら、DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データベースを構築している三大国際データバンクのひとつです。

放射線耐性菌(Deinococcus) について、DNA修復関連タンパク質のアミノ酸配列、ゲノム上の位置、相互作用の情報が公開されています。ORFのアノテーションに注力しています。サイトでは、データベースに対してprotein/ORF searchやFasta searchを行うことが可能です。

「DGRC」はショウジョウバエ系統の統合検索システムです。現在のところ、ナショナル・バイオリソース・プロジェクト「ショウジョウバエ」の事業担当機関（京都工芸繊維大学、国立遺伝学研究所、愛媛大学、杏林大学）で保存されている系統を一括して検索ができるようにしたデータベースです。検索には遺伝子型、細胞学的位置、種名などの項目が利用可能で、検索後、各系統維持機関への提供依頼もできます。

Yeast two-hybrid等の生化学実験によって決定されたタンパク質間相互作用のデータベースです。相互作用するタンパク質の情報の他に、相互作用マップを提供しています。相互作用マップでは、相互作用の信頼度によりエッジが色分けされています。

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Guide.cgi?SM=0:24||http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Guide.cgi?SM=0:3||http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Guide.cgi?SM=0:4||http://psidev.sourceforge.net/molecular_interactions//xml/doc/user/

NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。

タンパク質の分子表面に関するデータベースで、分子認識機構の分析に有用な情報を提供しています。Protein Data Bankの構造について、静電的ポテンシャルと疎水的性質を活性部位のコノリー表面と合わせて表示しています。
PDBj (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00157) が提供するサービスの１つです。

熊本大学発生医学研究センター臓器形成分野で作製した可変型遺伝子トラップクローンのデータベースです。トラップした遺伝子に関する情報や5'-RACE法による同定情報、トラップクローンから樹立したマウス系統情報を掲載しています。各エントリーには、マウスゲノム上の位置、染色体番号、遺伝子名、トラップベクターおよび細胞株、5'-RACE法による塩基配列、ホモロジー検索結果、樹立マウスの情報、各種外部公共データベースへのリンクが含まれています。

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/egtc/LATEST/README.html

欧州の核酸配列レポジトリで、個々の研究者やゲノム配列決定プロジェクトから提供される配列データの登録と配布を行っています。GenBank(米国), DDBJ(日本)と国際的なコラボレーションを行っています。
ENA （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00432 ）の中でアッセンブリやアノテーション済みのシーケンス情報を登録するレポジトリでした。

ゲノム解読された脊椎生物およびその他の主要な真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。

http://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html

PubMed、核酸、アミノ酸配列、発現データ、PubChem (生化学的な働きをする小分子)、タンパク質構造、解読が完了したゲノム、TaxonomyといったNCBIの主要な30以上ものデータベースに対して、テキストベースで統合的に検索できる情報抽出システムです。 また、データベース内の関連するレコードへのリンクや、そのレコードから他のデータベースへのリンク情報も提供しています。

理研GSC ENU誘発による大規模マウス突然変異体作製プロジェクトにおいて作製されたマウスラインと関連リソースを検索できます。プロトコルやプロジェクト情報も掲載されています。

eProtS（タンパク質構造百科事典）は、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。日本語版と英語版を用意しています。

腸管出血性大腸菌 O157:H7 Sakai株のゲノム情報データベースです。染色体やプラスミドの種々の情報検索や、関連論文の検索が利用できます。

この比較ゲノムブラウザでは、ヒトやチンパンジー、マウス、ラットなどの真核生物の比較ゲノミクス解析の結果を提供しています。比較ゲノミクス解析は、新規遺伝子の発見や、ゲノム進化についての新しい知見の蓄積に役立つ可能性があります。現在は提供を終了しています。

海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションを公開しています。染色体マップ、タンパクコード遺伝子の基本情報、RNAのコドン使用頻度、tRNA、rRNA、挿入配列などが閲覧できます。他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報も掲載されています。

Protein Data Bank (PDB)に登録されている酵素の立体構造を情報源として、文献情報などに基づき、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各エントリーには、酵素番号(EC number)、PDB番号、触媒部位、リガンド情報、文献情報、触媒機構に関する情報、Swiss-prot, CATH, KEGG等の公共データベースのリンクが含まれています。

全自動ホモロジーモデリングソフトFAMS (Full Automatic Modeling System) を用いてモデリングされた277生物種のタンパク質構造モデルデータベースです。ヒトや新型インフルエンザタンパク質についてのデータの他、ヒト・ラット・マウスの3種や多様な生物277種から一度に検索できるページもあります。検索には遺伝子ORF、PDB ID、キーワードなどが利用できます。

ショウジョウバエの遺伝情報のデーターベースです。BLASTやGenomeBrowser、分類情報検索やショウジョウバエの成長過程を記録、描画した画像データも含まれています。

http://flybase.org/wiki/FlyBase:FilesOverview#XML_files

ショウジョウバエの成長過程や遺伝情報、特に遺伝子発現パターンに関する画像データベースです。ショウジョウバエの主要データベースであるFlyBase (http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00064 ) とも互換性を考慮しています。

完全長ヒトcDNAの配列データベースです。GENBANKフォーマット、FASTAフォーマットそれぞれをダウンロードすることが可能です。

ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)の完全長cDNAデータベースです。発現遺伝子の5'端塩基配列をゲノム配列上にマップしています。TBLASTXを用いて、P.falciparumゲノムをテンプレートとするマラリア原虫間のタンパク配列相同性を解析した結果も登録されています。

トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベースです。各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされています。

世界各国の自然史博物館、研究機関、大学などが維持している標本のデータと野生生物の観測のデータを集めたポータルサイトです。

「遺伝子多様性モデル解析事業」において、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)はモデル疾患として選択した幾つかの多因子性疾患に関する遺伝子多型情報等を収集・解析し、疾患の原因となる疾患関連遺伝子を同定するまでの一連の実験・解析フローの確立を目指しました。 同時に、膨大な情報を管理して解析を進めるために必要なデータベースやソフトウェアを構築しました。
産業技術総合研究所のオリジナルサイトからのデータ提供は終了しました。引き続き生命科学系データベースアーカイブからGDBSをご利用いただけます。

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/gdbs/LATEST/README.html

疾患ゲノムデータベースは、アルツハイマー病、がん、糖尿病、高血圧、喘息および薬理遺伝学（ファーマコジェネティクス）のためのミレニアム・ゲノム・プロジェクト（MGP)研究グループ（SGMGP）により構築された統合データベースです。特定の臨床・人口統計情報、JSNPやMGPにおいて発見されたものを含めた他のSNPsの多型情報、AffymetrixのGeneChipにより解析された発現プロファイルを公開しています。また、大部分のデータがヒトゲノム配列上に関連付けられ、「ゲノム・ビューア」上で見ることができます。
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所によるGeMDBJの公開は終了致しました。主なデータは国立がん研究センターの運用するIntegrative Disease Omics Database（iDOx DB）( http://gemdbj.ncc.go.jp/omics/index.html )へ引き継がれます。

遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベースです。データは、HUGO、OMIM、Genatlas、LocusLink、GDB、MGI、FlyBase、WormBase、CYGD、SGDから自動的に抽出されたものです。

生物種別の遺伝子単位でエントリーを構成しており、NCBIの様々なデータベースを統合的に利用して遺伝子情報を掲載しています。染色体上の位置、配列、発現、構造、機能、ホモロジーデータのような遺伝子をベースとした情報を提供しています。

遺伝子オントロジー（Gene Ontology;GO）とは、生物学的概念を記述するための標準となる語彙を策定しようとするプロジェクトです。GOで定義された用語はGO Termと呼ばれ、Cellular component、Biological process、Molecular functionという3つのカテゴリーに分類されています。GOのデータは、非循環有向グラフ (Directed Acyclic Graph: DAG) と呼ばれるデータ構造を用いて計算機上で記述することができます。
このサイトでは、GO Termや関連ツールの配布を行っています。

http://geneontology.org/page/download-ontology||http://geneontology.org/page/download-mappings||http://geneontology.org/page/download-annotations

AffymetrixのプローブセットHG-U95, HG-U133, HG-U133 Plus2.0のアノテーション情報を提供するデータベースです。プローブセットの情報はGeneCards geneとリンクしており、直接プローブ配列とGenBank, RefSeq, EnsemblのmRNA配列と比較することができるようになっています。

マイクロアレイ発現データやゲノム上の位置情報などの多様なデータを統合して、遺伝子の機能ネットワークを推定します。

大腸菌K-12 (W3110)の生細胞システムを包括的に理解するためのデータベースです。大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトームの解析結果、変異株や転写制御に関する文献を収集し、提供している公共リポジトリです。ORFクローンや遺伝子破壊株、欠損株の提供も行っています。

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/genobase_v6/LATEST/README.html

抗寄生虫剤エバーメクチンを生産する放線菌Streptomyces avermitilisの全ゲノム配列と、さまざまなアノテーションが掲載されています。配列情報、物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、二次代謝産物、種特異的遺伝子、コドン使用頻度、16S rRNAによる系統樹などが表示されます。

Genome Object Net (GON) は、生体パスウエイのモデリングやシミュレーションのためのソフトウェアプラットフォームで、hybrid functional Petri net (HFPN)とXML技術を基本としています。本サイトでは、HFPNのパスウエイモデルを詳細な説明情報とともに提供しています。

マイクロアレイや次世代シーケンサー、メチル化、その他、高スループット実験で得られた機能ゲノムデータを登録、公開、配布しているレポジトリサイトです。登録データの実験情報の記述内容はMIAME（Minimum Information About a Microarray Experiment)形式で統一されており、専門家によって精査されています。サンプル名や解析プラットフォーム名、生物種、実験内容等、各種キーワードで目的のデータを検索することができます。生データの配布も行っています。GEO DataSetsでは、データ投稿者が提供したレコード情報（サンプルやプラットフォーム情報等）とキュレートされたデータセットを提供しており、GEO ProfilesではGEO DataSetsから得られた遺伝子発現プロファイルを提供しています。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/datasets.html

GermOnlineは、生殖系列発生、減数分裂、配偶子形成、有糸分裂細胞周期に着目した異種生物間のマイクロアレイ遺伝子発現データベースです。(1)GeneChipデータ、(2)Multiomics Information Management and Annotation System (MIMAS)を用いたサンプルアノテーション、(3)DNA-タンパク質結合データおよびタンパク質相互作用データ、(4)Ensemblによるゲノムアノテーション情報、(5)EnsemblおよびOrthologs Matrix Project (OMA)のデータを用いて定義したオルソログ情報が含まれています。

カタヤユウレイボヤ（Ciona intestinalis）のゲノムDNAおよびcDNAが登録されています。ゲノムブラウザの利用やBLAST検索の実行、発生ステージごとの遺伝子発現パターンの検索などが可能です。BLAST検索は、ゲノムやEST、ゲノムショットガンリードのデータベースに対して行うことができます。

既に公開されている微生物ゲノムに対して、付加されている生物学的情報や配列を検索、取得できるデータベースシステムです。古細菌、真正細菌、数種類の真核生物のデータが登録されています。

このデータベースは、ヒトミトコンドリアゲノムの全塩基配列の解析に基づき、ミトコンドリアゲノムに分布する多型と、多型の相互連鎖、疾患との関連、多型の機能的相違に関する総合的情報を提供しています。

Gタンパク質共役受容体(GPCR)は、細胞外の化学的情報を細胞内に伝達する機能を有する膜タンパク質であり、創薬標的として最も注目されている遺伝子ファミリーの１つです。200以上のヒト由来GPCRが結合するリガンドが不明な「オーファン」として残されています。これらのリガンドを明らかにし、その生理機能と作用機構を解明すれば、全く新しい作用を持った薬の開発につながる可能性があると考えられます。GLIDAは、GPCRに関連した創薬探索やGPCR及びリガンド情報を求めている人たちのために開発されたデータベースです。GLIDAは以下の特徴をもちます; 1. GPCRに関する生物学的知見及びリガンドに関する化学的情報をカバーした高度検索システム、2. GPCR及びリガンドそれぞれの検索機能、3. GPCRとリガンド間の相互検索。

哺乳類βグロビン遺伝子群の配列や実験結果を収めたデータベースです。自然におこるヒトヘモグロビンの変異とその影響、βグロビン遺伝子クラスターの調整に関する実験データについての情報が含まれており、その他、配列を比較するためのソフトウェアツールが使用できます。

抗糖鎖抗体やその抗体が反応する生体の組織情報、抗体が認識する糖鎖をキャリーしているタンパク質や脂質、糖転移酵素、文献情報などを格納しています。

GrainGenesは様々なクラスの内容を検索することができます。クラスは研究に携わっている論文著者名、遺伝子名、文献、多型情報、タンパク情報、配列情報等があります。その他にもBLASTやCmap,GenomeBrowserを使用することができます。

ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースです。配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析 (PROSITE)、ファミリー分類 (Pfam)、膜貫通ヘリックス予測 (SOSUI)、コイルドコイル予測 (Multicoil)、繰り返し配列解析 (RepAlign)の結果が収録されています。

http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/mas-doc.html

国立遺伝学研究所が公開している「GTOP」のイネ限定版です。GTOPはゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたデータベースで、配列相同性解析を主な手段としており、立体構造予測（対PDBの配列相同性検索。Reverse PSI-BLASTを使用）、機能予測（対Swissprotの配列相同性検索。BLASTを使用）、モチーフ解析(PROSITE)、ファミリー分類(Pfam)、膜貫通ヘリックス予測(SOSUI)、コイルドコイル予測(Multicoil)、繰り返し配列解析(RepAlign)の結果が収録されています。

ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示し,遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。

http://www.h-invitational.jp/hinv/dataset/download_jp.cgi

H-InvDBはヒトのすべての転写産物を対象とした統合データベースです。ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアント、機能性RNA、タンパク質としての機能、機能ドメイン、細胞内局在、代謝経路、立体構造、疾病との関連、遺伝子多型（SNP、マイクロサテライト等）、 遺伝子発現プロファイル、分子進化学的特徴、タンパク質間相互作用(PPI)、遺伝子ファミリー などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。

ヒトゲノムに潜む遺伝子を発見する信頼性の高いコンピュータアルゴリズムを開発し、それを利用してヒトゲノムに潜む遺伝子の位置と構造、その機能などの注釈情報を取得しました。その成果をデータベース化しています。

大麦、ヤマカモジグサ属、ミカン属、コーヒー、ササゲ、バナナ、オオバコ、ダイズ、イネ、小麦のEST配列を提供しています。各生物種の配列や関連する遺伝子情報は、専用のソフトウェアをそれぞれダウンロードして閲覧します。

肝炎ウィルス (B型、C型、E型）の各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、全遺伝子配列を対象にした系統樹、アライメント、距離行列を掲載しています。ユーザ登録が必要なアカウントモードと、フリーで閲覧できる（データに制限あり）非アカウントモードに分かれています。

タンパク質の立体構造がどのような低分子（ヘテロ原子）との共結晶で決定されているかを知ることを目的に、Protein Data Bank (PDB)にエントリーされているタンパク質と低分子の相互作用を収集したデータベースです。PDBに最も多く含まれている低分子は、カルシウム、亜鉛、マグネシウムなどの金属イオンであり、その次に糖分子やヌクレオチドが多く含まれています。これらの低分子は酵素の補因子として働いたり、タンパク質の構造安定化に寄与しています。

このデータベースは、ヒト遺伝病の原因核遺伝子と遺伝病関連遺伝子の生殖細胞における変異情報を網羅的に収載しています。

高機能基盤生体データベース (ALIS) プロジェクトの配列データを提供しています。JSTと4つのシークエンシングチームが7染色体を対象としてシークエンシングを行いました。染色体マップとシークエンシングデータは、表中の染色体名または染色体内の領域名を選択すると表示されます。

実験的に決定したタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。配列相同性を元にグループ化されています。9生物種間で176,983件の相互作用が登録されており、このうち87,026件の相互作用にはホモログが存在します。Swissprot ID、PDB ID、Entrez gene ID、遺伝子名やキーワードで検索できます。
2019年8月をもってHINTdbの内容はHitPredict（https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00497 ）に統合されました。

このデータベースはヒト免疫不全ウィルスの塩基配列、エピトープ、薬剤耐性変異、ワクチンの臨床試験に関する情報が含まれています。

全ゲノム配列が決定された20種類の真核生物の間で自動的検出したホモログ遺伝子のセット、およびmRNAやタンパク質の配列データを提供しています。他の生物種のUniGene配列でホモログの可能性があるものも表示されます。

持続可能な循環型社会を実現する「農業環境エンジニアリングシステム」の開発のメタデータ

コマツナを対象としたフィールドアグリオミクス解析 (作物形質、作物メタボローム、作物イオノーム、作物トランスクリプトーム、マイクロバイオーム、ストリゴラクトン、土壌メタボローム、土壌イオノーム、土壌化学性、土壌物理性等)から取得する全オミクスデータの統合解析結果。

ダイズを対象としたフィールドアグリオミクス解析 (作物形質、作物メタボローム、作物イオノーム、作物トランスクリプトーム、マイクロバイオーム、ストリゴラクトン、土壌メタボローム、土壌イオノーム、土壌化学性、土壌物理性等)から取得する全オミクスデータの統合解析結果。

血液・尿検査
計測データ
アンケート調査
問診結果
被験者属性
睡眠日誌、睡眠時心拍・脳波
微生物組成
食事調査、食物摂取頻度調査
メタボロミクス

バイオリアクター(カイコ)生産系における、1)様々なターゲットタンパク質を 発現する組織でのトランスクリプトーム(遺伝子発現)データを中心に、2)組換え 導入遺伝子の塩基配列設計と、組換え効率や生産効率等のプロセス情報、生産物の機 能や構造情報、および、最終製品情報(規制関連、特許情報等)に関する生産物関連 データも想定。全体でもターゲットタンパク質の数で100種程度と予想。
1)トランスクリプトームデータは、遺伝子ネットワーク構築に利用する。遺伝子 ネットワークの改変によってターゲットタンパク質の生産量や機能の向上を図るた めの結果予測に用い、予測に従って改変した結果のフィードバックのサイクルを回す ことで、データ駆動型の生産系の高度化を図る。
2)生産物関連データについては、公募で採択される他生物生産系のデータ構成と の統一を図る。最終的には比較可能なデータベースにすることで、対象とするタンパ ク質ごとに、どの生産系で生産するのが有利か不利かを判断することができるデータ ベースを構築する。

廃水処理汚泥等の16SrRNA遺伝子アンプリコンシークエンス、ショットガンメタゲノムシークエンス等の塩基配列データ

微生物生息環境からのサンプルでの培養条件および微生物単体での培養条件

ゲノム/トランスクリプトーム/プロテオーム/メタボローム

データリスト